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질병을 일으키는 원인이 되는 인자(agent)가 생체에 침입, 흡수된 뒤 최초의 증상이 발생할 때까지의 기간이 잠복기이다. 즉 병원체가 체내에 침입하여 감염을 일으키고 발병하기까지의 기간을 말한다. 체내에 침입한 병원체는 증식하여 발병에 이르는데 증식이 빠른 것일수록 잠복기는 짧은 경향이 있다. 잠복기 기간은 질병에 따라 다양하다. 전염병의 경우에는 수 일에서 수 주간, 암이나 진폐증의 경우에는 수년에서 수십 년에 이르고 있다. 잠복기중에는 일반적으로 병적 징후가 나타나지 않지만 민감한 사람에게는 전구(前驅)증상(두통·식욕부진·현기증·불쾌감 등)을 볼 수 있다. 잠복기중에 주의할 점은, 잠복기중에도 병원체를 배출할 위험 즉 감염원이 되는 경우, 파상풍이나 광견병처럼 발병한 뒤에는 치료가 곤란하여 잠복기중에 발병의 예방적 치료를 하지 않으면 안 되는 질환의 경우, 홍역처럼 잠복기를 이용하여 글로불린 예방주사를 실시해 가볍게 발병시켜서 면역이 생기게 하는 것이 좋은 질병의 경우가 있다.